خبرها حاکی از این است که تغییراتی در بالاترین سطح مدیریتی بنیاد مستضعفان در حال انجام است؛ هر چند حکم این ریاست از سوی مقام معظم رهبری ابلاغ نشده، اما شنیده‌ها حاکی از این است که سید پرویز فتاح، رئیس کمیته امداد امام خمینی (ره)، سکان این بنیاد اقتصادی بزرگ را در دست خواهد گرفت.
بنیاد مستضعفان اکنون بیش از هر چیز یک نهاد اقتصادی با زیرمجموعه‌های فراوانی از هلدینگ‌ها و بنگاه‌های اقتصادی به شمار می‌رود که هدف از تشکیل آن، توزیع متوازن سرمایه و درآمد بین افراد جامعه بوده است. پس از پیروزی انقلاب اسلامی، با حکم دادگاه انقلاب، اموال و دارایی‌های مربوط به خاندان پهلوی و نزدیکان آنها و بسیاری دیگر مشمول قانون مصادره شد تا درآمد آنها در راه افزایش رفاه طبقات محروم جامعه صرف شود. از همین رو، اداره این اموال و مدیریت درآمدهای آن به بنیادی که ابتدای انقلاب از سوی یک هیئت مؤسس تشکیل شده بود، سپرده شد.
مقام معظم رهبری، آیات سیدمحمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی‌رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، احمد جلالی، علی‌اصغر مسعودی و عزت‌الله سحابی از اعضای هیئت مؤسس بنیاد مستضعفان بودند. مطابق مصوبه همین هیئت، علینقی خاموشی به‌عنوان اولین رئیس بنیاد مستضعفان منصوب شد؛ فردی که هم‌اکنون به‌عنوان رئیس هیئت مدیره شرکت سرمایه‌گذاری ایران فعالیت می‌کند. وی در فاصله سال‌های ۱۳۵۷ تا ۱۳۵۹ نخستین رئیس بنیاد مستضعفان انقلاب اسلامی بود. خاموشی از اعضای مؤسس حزب مؤتلفه اسلامی بود که از سال ۱۳۵۷ تا ۱۳۸۱ به‌طور همزمان ریاست اتاق بازرگانی ایران و اتاق تهران را بر عهده داشت.
از شهریور سال ۱۳۵۹ اداره بنیاد به نخست‌وزیری وقت سپرده شد، در نتیجه بر اساس دستور امام (ره)، محمدعلی رجایی و سپس میرحسین موسوی نخست‌وزیران وقت مسئول آن شدند، اما بعد از حذف پست نخست‌وزیری در سال ۱۳۶۸، محسن رفیق‌دوست به ریاست بنیاد مستضعفان منصوب شد. وی که پیش از انقلاب از اعضای جمعیت موتلفه بود، پس از ورود به سپاه پاسداران از جمعیت موتلفه خارج شد. از آبان ۱۳۶۱ تا شهریور ۱۳۶۷ رفیق‌دوست وزیر سپاه پاسداران بوده است. او پس از جابجایی از بنیاد مستضعفان مؤسسه‌ای خصوصی به نام بنیاد نور تأسیس کرد که به فعالیت در زمینه دارو و ساختمان‌سازی می‌پردازد.
بعد از پایان ۱۰ سال ریاست رفیق‌دوست (۱۳۶۸ تا ۱۳۷۸) بر بنیاد مستضعفان، محمد فروزنده، یکی از فرماندهان سپاه در دفاع مقدس این مسئولیت را بر عهده گرفت. فروزنده هم که بیش از ۱۵ سال (تا سال ۱۳۹۳) رئیس بنیاد مستضعفان بود، هم‌اکنون عضو حقیقی مجمع تشخیص مصلحت نظام است. وی از سال ۱۳۶۶ تا ۱۳۶۸ رئیس ستاد کل سپاه پاسداران و از سال ۱۳۷۰ تا ۱۳۷۲ نیز جانشین رئیس ستاد کل نیروهای مسلح بوده است. بعد از وی، محمد سعیدی‌کیا از ۳۱ تیر ۱۳۹۳ تا امروز رئیس این بنیاد بوده است. وی وزیر راه و ترابری دولت دوم میرحسین موسوی و دولت اول سازندگی بود و در دولت اول اصلاحات نیز به‌عنوان وزیر جهاد سازندگی فعالیت می‌کرد. سعیدی‌کیا در دولت نهم نیز وزیر مسکن و شهرسازی بود. از همین رو می‌توان گفت تقریباً بیشتر رؤسای این بنیاد افرادی نزدیک به طیف اصولگرا یا از اعضای سپاه پاسداران بوده‌اند.
دارایی‌های بنیاد
در سال ۱۳۶۸ بنیاد مستضعفان مالکیت بیش از ۸۰۰ شرکت و بنگاه اقتصادی را در اختیار داشت که تمام آنها از نوع اموال مصادره شده بود. در پی خصوصی‌سازی و واگذاری اموال به بخش خصوصی، شمار این شرکت‌ها در سال ۱۳۷۸ به ۴۰۰ شرکت رسید. در سال ۱۳۸۸ این بنیاد در مجموع مالکیت کمتر از ۱۴۰ شرکت را در اختیار داشته است. بانک سینا متعلق به این نهاد است. شرکت زمزم، بنیاد علوی، شرکت نفت بهران، مجموعه ارم سبز از زیرمجموعه‌های هلدینگ سیاحتی، مراکز تفریحی و حمل و نقل پارسیان و همچنین شرکت آزادراه تهران- شمال از جمله دارایی‌های این نهاد هستند.
حجم بسیار گسترده و تنوع فعالیت‌های اقتصادی بنیاد و از طرف دیگر، عدم انتشار صورت‌های مالی و همچنین برخی معافیت‌های مالیاتی آن، موجب حساسیت افکار عمومی نسبت به این نهاد شده بود، تا اینکه در سال ۱۳۹۵ برای اولین بار این نهاد اقتصادی صورت‌های مالی خود را منتشر کرد. بر اساس این گزارش میزان دارایی‌های این بنیاد بیش از ۵۶ هزار میلیارد تومان (حدود ۱۴ میلیارد دلار به نرخ آن زمان) بوده است. از نظر میزان درآمد نیز رقم اعلام شده برای درآمد حاصل از فروش کالا و خدمات در سال ۱۳۹۵ بیش از ۲۸ هزار و ۳۵۰ میلیارد تومان (حدود ۷ میلیارد دلار) بوده که حدود ۳۵ درصد آن ناشی از فروش کالا عمدتاً در بخش‌های صنایع غذایی و کشاورزی، نفت و انرژی، صنعت و معدن و حدود ۶۵ درصد ناشی از ارائه خدمات عمدتاً در بخش‌های خدمات مالی و بانکی، فناوری اطلاعات، صنعت و معدن بوده است. نهایتاً میزان سود خالص بنیاد در سال ۱۳۹۵، ۲,۷۰۰ میلیارد تومان (بیش از ۷۰۰ میلیون دلار) و سود انباشته سنواتی آن بیش از ۱۳ هزار و ۸۰۰ میلیارد تومان (حدود ۳.۵ میلیارد دلار) برآورد شده است.
بعضی شرکت‌های زیرمجموعه گروه بنیاد با ورود به بورس و ارائه بخشی از سهام خود، به شرکت‌های سهامی عام تبدیل شده و به‌طور منظم گزارش‌های مالی خود را به بورس ارائه می‌کنند، ولی کنترل سهام مدیریتی و در نتیجه مدیریت این شرکت‌ها همچنان در دست گروه بنیاد است. از جمله این شرکت‌ها می‌توان به شرکت گروه گسترش ارتباطات و فناوری اطلاعات سینا، بانک سینا، شرکت تخصصی گسترش صنایع غذایی سینا، شرکت نفت بهران و شرکت صنایع برق و انرژی صبا اشاره کرد.
اکنون که بحث یک رئیس جدید برای مدیریت این نهاد مطرح شده است، بسیاری با نگاه به نقش بالای سرمایه‌های بنیاد در اقتصاد کشور، انتظار دارند رئیس جدید این نهاد بتواند با استفاده بهینه از این دارایی‌ها، اهداف اصلی سازمان یعنی حمایت از طبقات پایین را محقق کند.